Se encuentra en el interior de un criptopórtico romano. En su valiosa colección, que alberga restos de época argárica hasta aquellos pertenecientes al final de la Edad Media, destacan los ajuares procedentes de la necrópolis de Puente de Noy o los materiales encontrados en la factoría de salazón.

En la vitrina nº 3 se encuentra la pieza más importante que el Museo sexitano guarda. Se trata de un vaso cinerario egipcio, realizado en mármol, perteneciente al faraón Apofis I como lo indica el sello grabado en escritura jeroglífica en la parte superior. Este objeto ha despertado el interés de instituciones tan prestigiosas como el Metropolitan Museum de Nueva York, que lo ha solicitado en préstamos para una exposición temporal. Según algunos arqueólogos, se trata del objeto escrito más antiguo encontrado en la Península Ibérica.

Además, destacan las monedas acuñadas en la ceca sexitana, los vasos de alabastro, cerámica púnica y romana, joyas procedentes de los ajuares funerarios o la escultura de la diosa Minerva entre otras piezas de enorme interés.