De la primera Iglesia de Almuñécar nada se sabe pero, como fue normal tras la conquista, se establecería en la mezquita mayor tomada a los musulmanes, acondicionada y significándola para el nuevo culto.
El templo actual es obra significativa del arte granadino, por la cronología y características de su construcción. Su interés e importancia radica en que es la primera que se construye en la provincia de Granada, de estilo protobarroco.

Hasta entonces, las parroquiales de los pueblos se habían venido haciendo, las de mayor importancia, en estilo gótico o renacentista, y las de menores pretensiones al modo mudéjar. Sin embargo, en Almuñécar se toma la nueva corriente constructiva, sin duda, para la mayor envergadura del proyecto que contrasta con una población para la época que no llegaba a los mil habitantes.

Tenemos pocas noticias de su construcción pero suficientemente significativas. Hizo la obra el maestro albañil Jerónimo Hernández, vecino de Almuñécar, estando documentada su intervención en los años 1595 a 1597. De todas maneras, por unas cartas de contestación al arzobispo don Pedro de Castro, que le solicitaba se hiciera cargo de la ampliación de la iglesia de Motril, se niega a ello por debérsele dinero de la obra de la iglesia de Almuñécar, deduciéndose que toda ella correría a su cargo. La terminación de su estructura, está marcada en el frontón que remata la fachada: 1600.